رسیدگی ویژه به امور زندانیان، آشنایی از نزدیک با مشکلات زندانیان و زندانبانان، پیگیری موضوعات قضایی و حقوقی آنها، نظارت بر اجرای طرح پایش و غربالگری زندانیان، پیگیری امور مربوط به سلامت آنها، رسیدگی بر فرآیند برخورداری زندانیان از تخفیفات قانونی و تأسیسات ارفاقی، نظارت بر اجرای «دستورالعمل جامع حفظ کرامت و ارزش‌های انسانی» در قبال زندانیان، نظارت بر نحوه اجرای «دستورالعمل ساماندهی زندانیان و کاهش جمعیت کیفری زندان‌ها»، بررسی فرایند اشتغال زندانیان، رسیدگی به مشکلات خانواده زندانیان و .. از جمله دستورکارهای حاج‌محمدی و سایر مسئولان سازمان زندان‌ها در بازدیدها و سرکشی‌های مستمری است که از سراسر زندان‌های کشور انجام می‌دهند.

اعطای مرخصی به زندانیان برای حفظ سلامت آنها در دوران شیوع کرونا در تمامی مقاطع سال ۹۹ بویژه در دوران اوج‌گیری کرونا استمرا داشت. بنا بر اعلام اسماعیلی سخنگوی دستگاه قضا،در دوره یکساله کرونا، در هر روز حداقل ۵۰ هزار نفر از زندانیان در مرخصی بودند و در ایام اوج کرونا، عدد زندانیان مرخصی رفته، از ۱۰۰ هزار نفر هم تجاوز کرد.